窦卵泡计数的应用不一定适用于所有人，它针对的是可能有卵巢功能问题的姐妹、正在分娩的姐妹，或者正在采用促排卵的药物的姐妹，看药物是否对卵巢有相应的影响。
1. 检查卵巢功能
在妊娠准备或其他助孕手术的帮助下都要进行阴道超声检查，窦卵泡计数通常应用于检查卵巢，观察卵巢储存，可以准确和直接表达出卵巢储存功能。
2. 辅助生殖技术中应用
在辅助生殖医疗服务中，窦卵泡计数通常用于确定现有的原始卵泡是否有潜力发育成为成熟卵泡，以及窦卵泡数量是否增加，发育成熟卵泡的可能性越大，可用于体外人工受精和其他手术的卵子就越多（获得的卵子数量直接影响胚胎数量），换句话说，最终可以使用的胚胎越多，试管婴儿成功率也就更高。
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